số tiền thanh toán

Xuất hóa đơn công trình theo giá trị nghiệm thu hay số tiền thanh toán?

Năm 2015 công ty tôi ký hợp đồng xây dựng cống qua đê nhưng ký lại qua một công ty khác. Khi thanh toán công ty này thu của chúng tôi 3% giá trị công trình công ty chúng tôi còn được hưởng 97%. Vậy công ty tôi phải xuất hóa đơn theo giá trị được hưởng hay xuất cả 100% giá trị nghiệm thu?